自作のツールにおいて、Visual Studio 2010 がインストールされていないと起動できない、ということを確認しました。
現在アップしているバージョンについてはすべて修正し、以後のバージョンでもこの問題が発生しないようにします。
(4/8現在GBAyaseiのみ.NET Framework 4が必要、他は何もインストールする必要無し)